Szegedi Kis István korának európai szinten képzett és elismert tudósa volt. Tanulmányait a kor leghíresebb egyetemein végezte. Munkái mély és sokoldalú tudásról, magas szintű tudományos gondolkodásról árulkodnak. Halála után megjelent műveire az egész kontinensen felfigyeltek. Svájcban és Angliában ki is adták munkáit. A magyar reformáció kimagasló alakja volt.

1505-ben született Szegeden. A színvonalas lippai és gyulai iskolák elvégzése után külföldön tanult tovább. Tudományos pályára készült. 1535-ben a bécsi, 1537-ben a krakkói egyetemen tanult. 1542-ben hazatért, Lippa és Gyula környékén tanított, közben pénzt gyűjtött tanulmányai folytatásához, Wittenbergbe készült. 1543 márciusában be is iratkozott, s a legmagasabb akadémiai fokot (teológiai doktor) elérve fejezte be tanulmányait. Hazatérte után Csanádon hirdette a reformáció Igéit szószéken és az iskolában is. Fráter György váradi püspök fel is figyelt rá, és tevékenységéért megbüntette. Könyvtárnyi mennyiségű értékes könyveit elvették, őt magát súlyosan megverték. Gyulán talált új otthonra, majd 1545-től Cegléden dolgozott mint prédikátor és iskolai tanító. Később Makón és Temesváron működött. 1551-ben a csanádi püspökség élére Losonczy István került, s ő fellépett a reformáció minden irányzata ellen, így Szegedinek menekülnie kellett. Mezőtúrra hívta őt Kálmáncsehi Sánta Márton. Szegedi az 1551-53. Években volt itt mint a református egyház prédikátora és a gimnázium rektora. Az ő mezőtúri működéséről a következőképpen emlékezik meg Skaricza Máté: „… ily módon csaknem számkivetetté lévén – t.i. Temesvárról való elűzetése miatt – hosszas bujdosás után Túrra, egy a Berettyó partján fekvő népes városba ment, ahol nagy tisztelettel fogadtatott és megfogadtatott 1551-ben, főleg, hogy az iskolát igazgassa, de olykor-olykor prédikáljon is, amelyen az egész község bámulatos szeretettel és vágyódással csüggött, amely őszinte vágyódást az Isten Igéje iránt, Kálmáncsehi Sánta Márton a maga fáradozása és tekintélye által a népben már teljesen felkeltett. Túrról végre másfélévi hivataloskodása után, özvegyen maradva, méltó meghívás folytán Békésre távozott 1553-ban.” 1554-ben, lelkésszé avatása után Laskó lelkipásztora lett. Majd püspökké választották Baranyában. 1558-ban Kálmáncsára megy. A végvárak parancsnokai mindenképpen váruk közelében akarták tudni ezt a csupa lélek embert, és ő vállalta ezt a szolgálatot is. Itt érte élete egyik legnagyobb megpróbáltatása: 1561-ben egy félreértett prédikáció nyomán – sértődésből – megvádolják kémkedéssel. A szószékről hurcolták el a törökök Kaposvárra, majd Pécsre. A kálmáncsaiak mindent megtettek, hogy kiszabadítsák, hajlandóak voltak a váltságdíjat is kifizetni érte. Azonban bevádolója elérte, hogy magasabb váltságdíjat követeljen érte a bég, s ezért fogságban maradt. Miután 1562-ben Mahmud béget Szolnokra helyezték, ő Szegedit is magával hozta új állomáshelyére. Mivel Szegedi országosan ismert ember volt, sokan felkeresték. A magas váltságdíjat azonban egy-egy ember nem tudta kifizetni. János Zsigmond erdélyi fejedelem is közbenjárt az érdekében, azonban a díj egyre csak növekedett. Korió Péter helybeli révészmester közbenjárására a bég bilincsbe verve kiengedte Szegedit a városba. Így napközben prédikálhatott, házi Bibliaórákat tarthatott a város magyar lakosságának, este azonban vissza kellett térnie börtönébe. Végül egyik volt hallgatója lett a szabadítója. Egy átutazóban lévő asszony – Mező Ferencné Baranyi Ilona – meghallgatta beszédét, és mikor később halálos beteg lett, férjét megeskette, hogy kiszabadítja az idős prédikátort. Mező Ferenc megállapodásra jutott a törökkel. Összegyűjtötte a váltságdíj összegét, 1200 Ft-ot (ez 2 kg arany értéke volt). Az egész ország gyűjtött a számára. 800 Ft-ot sikerült összeszedni, a maradék 400-at Mező Ferenc egészítette ki. Szegedi másfél évet töltött Szolnokon, tanította, lelkileg vezette hallgatóit. Szabadulása után Ráckevére került, ott halt meg 1572-ben. 

Nagy mennyiségű tudományos anyag maradt utána (dogmatikai, etikai, egyháztörténeti művek, bibliamagyarázatok, prédikációvázlatok). Teológiai munkái nem csak itthon, de külföldön is segítették a diákok munkáját, életét.