Kálvin 1509. július 10-én született a franciaországi Noyonban. Apja a káptalan (a katolikus egyházigazgatás testületi szerve, mely egy püspökséghez vagy egyházmegyéhez tartozik. Tagjai a kanonokok, vezetője a prépost) ügyésze volt. Kálvin így plébániai ösztöndíjjal tanult. Párizsban, Orleansban volt joghallgató. 1533-ban a Biblia és az egyházi atyák tanulmányozása következtében bekövetkezett megtérése. Erről így ír: „Nagyon bele voltam merülve a pápaság babonáiba, úgy, hogy nem volt könnyű kiragadni engem ebből.”

Amikor barátját, Nicolas Cop-ot egyetemi rektornak választották, Kálvin írta meg székfoglaló beszédét a reformáció szellemében. Ezért menekülnie kellett (1533-1536).

Baselben megírja és kiadja fő műve: A keresztyén vallás rendszere (Institutio) első változatát (1536). Ezzel ismertté válik a reformációt támogatók körében. Így amikor Genfen átutazik, az ott lévő lelkész, a már idős Farel Vilmos nagy nehezen ráveszi, hogy vállalja a genfi prédikátori tisztet.

Első genfi tartózkodása csupán két évig tartott (1536-38). Hitvallást ír, melyre esküt kell tennie a genfi polgároknak. Egyházfegyelmi szabályokat dolgoz ki, hitvitákat folytat ellenfeleivel.

Rájött, hogy a jómódú genfi polgárok azért fogadják szívesen a reformációt, mert így megszabadulnak a savoyai herceg és püspök uralmától, de igazából nem érdekli őket a reformáció szellemisége.

1538. 1538. március 11-én a tanács, a lelkészek előleges megkérdezése nélkül, elrendelte az úrvacsorának a berni egyház szokása szerint, azaz ostyával történő kiszolgáltatását. Mivel Kálvin nem engedett, a tanács száműzte a városból. Annyira megromlik a viszony, hogy majdnem megölik őt, s csak az utolsó percben sikerül elmenekülnie a városból. 

Strassburgba menekül, ahol 3 évig a francia menekültek lelkésze (1538-41). Itt családot is alapít. 

Közben a genfieket Sadoletus bíboros levélben próbálja visszacsalogatni a katolikus egyházba. Ekkor a genfiek követséget küldenek Kálvinhoz, s visszahívják, elfogadva feltételeit. Bár nem akar visszamenni, mégis tudja, hogy Isten oda rendeli őt. Ekkor hangzik el híres mondása: „Szívemet égő áldozatul az Úrnak szentelem”.

Második genfi munkássága haláláig tart (1541-64).

Megvalósítja az egyháztanács (konzisztórium) intézményét, mely 12 választott presbiterből és a lelkészekből állt. A genfi konzisztórium a presbiter – zsinati református egyházalkotmány modelljévé vált szerte a világon.

Megírja az egyházi törvénykönyvet, liturgiát, a híres Genfi Kátét. A város kapitányát és több tekintélyes polgárt, akik fellázadtak a szigorú rend ellen, száműzte. Fő művét, az Institutiot egyre inkább bővítve adja ki. Végleges formája 1559-ben jelent meg. Magyarra Szenci Molnár Albert fordította.

Mikor 1555-ben a városi tanácsban Kálvin párthívei győztek, a reformátor elismertette a városi hatóságokkal a konzisztórium függetlenségét. Kálvin döntő szerephez jutott mind az egyház, mind a város vezetésében. Hatására a könnyelmű Genf puritán, fegyelmezett, erős várossá, a reformáció egyik központjává lett. Kálvin csaknem az egész Bibliát végigmagyarázta.

Fontos tette volt a Consensus Tigurinus (Zürichi egyetértés (1549) című hitvallás, amit Bullingerrel, Zwingli utódjával együtt alkottak. 

1564. május 27-én halt meg. Előzőleg a presbitérium és a városi tanács elé vitette magát betegágyán, együtt úrvacsorázott velük, bocsánatot kért, ha megbántott valakit, s ő is mindenkinek megbocsátott. 

Tanítása

A teljes Szentírást tartotta a keresztyén hit alapjának. A teológia lényegét Isten szuverenitása (korlátlan teljhatalma) és dicsősége hirdetésében látta. Az egyháznak küzdenie kell azért, hogy a világban Isten akarata (theokrácia) érvényesüljön.

Lutherrel együtt vállalta a kegyelemből, hit által történő megigazulást, a hangsúlyt azonban az isteni eleve elrendelő (predestinációs) kegyelemre tette, amelyre feleletként a keresztyén ember hálából egész életét Istennek szenteli és az Ő dicsőségére igyekszik élni. Úrvacsoratanában összekötötte Luther és Zwingli eltérő felfogását: Krisztus valóságosan jelen van az úrvacsorában, de nem materiálisan, hanem Lelke által, hatásában. Az egyházi élet szervezésében megvalósította a gyülekezet önállóságát a világi hatóságokkal szemben, és a feladatoknak megfelelően négy egyházi tisztséget vezetett be (lelkipásztor – presbiteri, tanítói, egyházfegyelmi, diakóniai).

Kálvin hatása a magyar nemzetre felbecsülhetetlen értékű: lelki, tudományos és egyházszervezési tekintetben egyaránt.