Egyházunk legkisebb, de legfontosabb szervezeti egysége az egyházközség. Azoknak a megkeresztelt reformátusoknak a közössége ez, akik egy földrajzilag körülhatárolható helyen élnek. A nevét is onnan kapja, ahol élnek a tagjai (pl. Mezőtúri Református Egyházközség).

Anyaegyházközségnek nevezzük azokat a gyülekezeteket, ahol van presbitérium (választott tisztségviselők, akik közösen hoznak döntéseket az egyházközség ügyeit illetően), lelkipásztort tart a gyülekezet és rendszeresen tartanak istentiszteletet.

Ahol csak kevés református él, nincs presbitérium és nincs saját lelkipásztoruk, ott szórványgyülekezetről beszélünk.

Parókiának nevezzük azt a házat, ahol a lelkész él. Ez a gyülekezet tulajdona.

Az egyházközségnek azok a teljes jogú tagjai, akik konfirmáltak, 18. életévüket betöltötték, a gyülekezet lelki és anyagi életében felelősen és örömmel részt vesznek. Ilyenek választhatók presbiternek is. A presbiterek gondnokot választanak maguk közül, aki a lelkipásztorral együtt képviseli az egyházközséget és vele együtt elsősorban felelős a gyülekezet lelki és anyagi életéért. (Elnöklelkészünk Mihalina László, főgondnokunk Bányainé nagy Mária).

A Magyarországi református Egyháznak kb. 110 egyházközsége van.

Az egyházközségek egyházmegyét alkotnak (pl. Nagykunsági Református Egyházmegye). Összesen 27 egyházmegye van. Nálunk, a Tiszántúlon összesen 9. Az egyházmegyék élén a lelkipásztorok közül választott esperes és a presbiterek közül választott Egyházmegyei gondnok áll. (Koncz Tibor és Szentesi Lajos).

Az egyházmegyék egyházkerületeket alkotnak. Magyarországon négy egyházkerület van (Dunamelléki, Dunántúli, Tiszáninneni és Tiszántúli.) Az egyházkerületek vezetői a lelkipásztorok közül választott püspök (Dr. Fekete Károly) és a presbiterek közül választott egyházkerületi főgondnok (Molnár János). Különböző tisztségviselők segítik munkájukat: főjegyzők (lelkészi és világi), tanácsosok, előadók. Az egyházkerületek teológiákat (lelkészképző egyetemek, főiskolák) tartanak fenn. 

A Zsinat egyházunk törvényhozó testülete. Törvényeket alkot, vagy módosít, és gondoskodik azok végrehajtásáról. A püspökök és főgondnokok közül egy-egy elnököt választanak.

A zsinat-presbiteri rendszerű egyháznak azt nevezzük, amikor az egyház vezetősége minden szinten két személyből, egy lelkészi és egy világi vezetőből áll. Ilyen a Magyarországi református Egyház is.

2009. május 22-én a Magyar Református Egyházak Debrecenben Alkotmányozó Zsinaton fogadták el a Magyar Református Egyház új közös alkotmányát, melyben kifejezték összetartozásukat, ezzel megszüntetve a Trianon által okozott szétszakítottságot.