A XVI. Sz. hatvanas éveiben az első nagy reformátori nemzedék kihalt. A keresztyénség történetének ekkor egy új szakasza kezdődött, amelyet ellenreformáció korának nevezünk (1560-1689). 

A reformáció elterjedésével a katolicizmusnak nagy szüksége volt olyan rajongó, elszánt hadseregre, mely nem csak a katolikus, hanem a protestáns népek közt is érvényt tudott szerezni a pápaság eszméinek, s fő feladatának tekintette az elszakadtaknak, ha lehet szép szóval, ha nem lehet másként, erőszakkal, egyszóval minden eszközzel az „egyedül üdvözítő egyházba visszavezetését”. Ennek az új pápai hadseregnek, mely a jezsuitákból állott, Loyola Ignác (született 1491.), egy előkelő spanyol nemes család leszármazottja volt a megteremtője.
Loyola Ignác (1491-1556) nemesi származásából kifolyólag ifjúkorában a spanyol uralkodó udvarában hivatalnoki feladatokat látott el, később pedig katonaként szolgált Pamplona ostrománál. Miután itt súlyos sebeket kapott, teljes alázattal fordult a vallás felé. Gyógyulása közben egyházi könyveket, írásokat olvasgatott és a katolikus vallás erősítésének szentelte életét. Fogadást tett, hogy a szent szüzet fogja szolgálni egész életében.Felgyógyulása után Jeruzsálembe zarándokolt (1523.), hogy megtérítse a hitetleneket. A kasztíliai Manresába vonult vissza, ahol 10 hónapot töltött remeteként, teljes aszkézisben élve. A manresai tartózkodás után Palesztinában zarándokúton vett részt. Lassanként rájött maga is, hogy nem sokra mehet teológiai képzettség nélkül, s miután hazájában befejezte alaptanulmányait, Párizsba utazott, hogy teljesen elsajátítsa a teológiai tudományokat.

A vallás elkötelezett híveként 1534. augusztus 15-én hat hittársával egyetemben megalapította a „Boldog Testvérek” szervezetét, ami a jezsuita rend alapját képezte. Teológiai tanulmányai után pappá szentelték és Rómába utazott, ahol III. Pál pápától szóbeli megerősítést kapott a rend létrehozására. A kis társulatot Jézus társasága (societas Jesu) címen.

Hivatalosan 1540-ben ismerték el a megalakult jezsuita rendet, Loyola Ignácot pedig a rend fejévé választották. 

Loyola összeállította a rend szabálygyűjteményét „Exercita spiritualia”, azaz a „lelkigyakorlatok” címen, amely drákói szigorral szabályozta a rendbéli életet. A meditáció, a teljes alázat, a katolikus vallás iránti elkötelezettség jellemezte mindennapi életüket. Abszolút engedelmességre nevelték a szerzeteseket, hogy azok teljes mértékben az egyház szolgálatába álljanak. 

Szigorú hierarchia szerint élnek: A noviciusok (kiskorúak) közé csak éptestű, kifogástalan erkölcsű és hitű, szabad és tehetséges ifjakat vesznek fel. A felvettől megkívánják, hogy teljesen szakítson családi, rokoni és más világi összeköttetéseivel és mondjon le a társulat javára vagyonáról. Ebben az osztályban két próbaévet töltenek, melynek nagy részét szellemi gyakorlatokra, az alázatosság, lemondás, nélkülözés, feltétlen engedelmesség elsajátítására fordítják. A próbaévek letelte és a három szerzetesi fogadalom letétele után az ifjak a scholastikusok (tanulók) osztályába lépnek, melyben mindazokat a tudományokat és képességeket meg kell szerezni, melyekre szükség van a felsőbb osztályokban. A tanfolyam bevégzése után a scholastikusnak még egy próbaévet kell eltölteni, mely alatt megismerkedik a rend alkotmányával. Végül, ha megüti a jezsuita mértéket, képessége szerint vagy a coadjutorok, vagy a professusok osztályába sorozzák, s ahhoz képest teszi le a második fogadalmat. Végül a negyedik vagy legfelsőbb osztályt a rend választottai (professi quatuor votorum) képezik, kik a három szerzetesi fogadalom mellett negyedikül még arra kötelezik magukat, hogy minden időben rendelkezésére álljanak a pápának. Teljes szegénységet fogadnak, s alamizsnából élnek. Összesen 15 év tanulás után történik a pappá szentelés.

Az ellenreformáció jeles képviselőjét, Loyola Ignácot 1622-ben XV. Gergely pápa szentté avatta.

A jezsuiták nagy szolgálatot tettek a katolikus egyháznak, számos protestáns hitre tért egyént térítettek vissza (különböző módszerekkel) a katolikus egyházba.

Magyar jezsuiták legnagyobb alakja: Pázmány Péter.