Magyarországnak Habsburg-uralom alá került északi és nyugati részeiben egészen a XVI. sz. utolsó negyedéig nem volt része a protestantizmusnak erősebb és rendszeresebb zaklatásban az állami hatalom részéről. 

Rudolf király (1567-1608) és Báthory István (1571-86) fejedelem személyében azonban mind a két országrész trónjára az ellenreformáció szelleme került. Az 1604-es pozsonyi országgyűlés XXII. Törvénycikkelye kimondta, hogy Magyarországot minden „eretnekségtől” – így a protestantizmustól is – meg kell tisztítani, s ehhez minden eszközt be kell vetni. Ekkor a Bocskai István által vezetett hajdúk és a hozzájuk csatlakozó jobbágyok megindították az idegen uralom elleni szabadságharcot. Hamarosan csatlakozott hozzá a köznemesség, sőt a főnemesség jelentős része is. 1605 végére Magyarországnak a töröktől el nem foglalt része és Erdély a fölkelők birtokában volt, miközben Bocskait 1605. április 17-én a szerencsi országgyűlés Magyarország és Erdély fejedelmévé választotta.

Rudolf végül tárgyalásokra kényszerült. Bocskai is békére hajlott, így 1606-ban megkötötték a bécsi békét, mellyel szabad vallásgyakorlatot biztosított a Habsburg-udvar. („A katolikus egyház sérelme nélkül”)

December 29-én azonban meghalt Bocskai. A béke nem bizonyult elegendő védelemnek. Ekkor erősödött meg a magyarországi jezsuita rend is, akiket még 1561-ben hívtak az országba. Kiemelkedő alakjuk Pázmány Péter. 

Pázmány Péter 1570-ben született Nagyváradon, protestáns nemesi családból. Az ottani jezsuita iskolába járt. Áttért a katolikus vallásra, belépett a jezsuita rendbe. Esztergomi érsek, majd bíboros lett.

Elsősorban a főnemességet próbálta minden eszközzel visszatéríteni a római egyházba. Egyidejűleg azonban nagyszabású irodalmi harcot is folytatott a protestánsok ellen. A legtekintélyesebb magyar főnemesi családok közül nem kevesebbet, mint harmincat sikerült visszatérítenie a katolikus vallásra. A protestánsok elvesztették azokat a főúri pártfogókat, akik a XVI. században a reformáció támaszai voltak. Az ő sugalmazására a magyar főnemesek alkalmazni kezdték a „cuius regio-eius religió”-nak („akié a föld, azé a vallás) az elvét, elűzték a protestáns prédikátorokat, a jobbágyokat pedig hitük elhagyására kényszerítették. Ha a parasztok ragaszkodtak hitükhöz, uraik elvették templomukat, katolikus papokat hozattak, és saját istentisztelet nélkül hagyták a lakosságot. 

Pázmány az iskolák segítségével is nagyon ügyesen folytatta a visszatérítést. 1635-ben történt a nagyszombati egyetem megalapítása,. Pázmány Péter olyan eredményes munkát végzett a katolikusok számára, hogy a mondás szerint: „protestáns Magyarországon született és katolikus Magyarországon halt meg.”

Bocskai későbbi utóda, Bethlen Gábor (1613-1629) lett. Ő tudatosan Bocskai örökségét folytatta, azaz Erdélyt Magyarország politikai és vallási szabadságának védelmezőjévé építette ki.

A harmincéves háború kitörésekor a protestánsok elleni túlkapások már annyira mindennaposak voltak, hogy Bethlen Gábor is elérkezettnek látta az időt fegyvert fogni hittestvérei védelmében. 1619. szeptember 3-án Kolozsvárról indított hadjárata annyira sikeres volt, hogy csapatai már 1619. október 14-én meghódították Pozsonyt, ahol a korona is Bethlen kezébe került.

1620. január 16-án Bethlen fegyverszünetet kötött Ferdinánddal. Kimondták a vallás szabad gyakorlatát, intézkedtek a templomfoglalások megakadályozására. Pázmányt az országból örökre száműzték.

1620. december 31-én megkötötték a nikolsburgi békét. 1624-ben a második bécsi békében, és 1626-ban a pozsonyi békében Bethlennek sikerült tovább erősítenie fejedelemségét és a magyar protestánsok jogi helyzetét.

Bethlen halála után Erdélyben felbomlott a rend. Utódául előbb a tehetetlen Bethlen Istvánt, majd Rákóczi Györgyöt, az egykori fejedelemnek, Rákóczi Zsigmondnak a fiát iktatták a fejedelmi székbe (1630. december 22.).

I. Rákóczi György mind a négy vallásnak teljes szabadságot biztosított Erdélyben. A protestáns vallásnak még Bethlen idejében, mint kassai generális, nagy szolgálatot tett. 

Az 1637-1638-as pozsonyi országgyűlés után a bécsi kormány nem sokat törődött a törvények megtartásával vagy a sérelmek orvoslásával. Rákóczi György megkezdte a harcot Ferdinánd ellen. A háború változó szerencsével folyt. Végül 1645. december 16-án Linzben békét kötöttek. Ennek értelmében mindenki szabadon gyakorolhatta vallását; a szabadság kiterjesztetik a parasztokra is, kiket ezentúl a földesurak nem kényszeríthetnek vallásukkal ellenkező szertartásokra.

A linzi béke nem volt képes megszilárdítani a vallási békét. Rendkívüli szerencsétlenség volt a magyar protestantizmusra nézve, hogy csakhamar meghalt Rákóczi György fejedelem.

Fia, II. Rákóczi György (1648-1658) sem apjának szilárd jellemét, sem anyjának, Lorántffy Zsuzsannának a hitét nem örökölte. Végzetes lengyelországi hadjáratával Erdélyt, s annak virágzó kultúráját egy csapással a csőd szélére sodorta.

Özvegye, Báthory Zsófia is rekatolizált, és fiát, I. Rákóczi Ferencet is erre kényszerítette. Kereken 400 templomot vettel el a protestánsoktól.

Közben I. Lipót (1657-1705) került a Habsburg-trónra. Trónra lépésével országszerte újra megindultak a protestánsok elleni erőszakosságok, a vallási sérelmek óriási mértékben megszaporodtak.

Ekkor kezdődött az ún. gyászévtized (1671-80). 1673-ban Pozsonyba rendkívüli bíróság elé (pozsonyi vésztörvényszék) idéztek harminckét felvidéki evangélikus és egy református lelkészt, akiket lázadással és a római egyház gyalázásával vádoltak meg. A felkínált királyi kegyelemre egy protestáns lelkész áttért, a többi lemondott tisztéről. Az eredményen felbuzdulva az ország egész területéről beidézték a protestáns lelkészeket és tanítókat. Azokat, akik semmilyen fenyegetésre sem tértek át, börtönbe vetették, majd Pozsonyból gyalog hajtották őket Triesztbe, ahol a prédikátorokat gályarabnak adták el. Kiváltásukra megmozdult az egész protestáns világ. Nagy nehézségek után De Ruyter holland admirális szabadította ki a magyar gályarabokat. A harmincegy gályarabnak eladott lelkész és tanító közül ekkor még huszonhatan éltek.

A prédikátorok és tanítók üldözésével egyidőben megsemmisítő hadjárat folyt az iskolák és a gyülekezetek ellen is. Apafi Mihály erdélyi fejedelem nem tudott érdemben segíteni. Erdélyben állandóan gyarapodott a menekültek száma. 1678-ban Thököly Imre, a fiatal evangélikus gróf a menekültek élére állt, és – Franciaországgal szövetkezve – sikeres hadjáratott vezetett a Felvidéken. 

Az 1681. évi soproni országgyűlésen a protestánsok június 21-én előterjesztették sérelmeiket. A római katolikus többség egyáltalán nem akart tárgyalni a protestánsok vallási sérelmeiről. Thököly a halogató taktika miatt felháborodva, megszakította a béketárgyalásokat. Amikor csapatai előrenyomultak, Lipót arra kényszerült, hogy törvényes úton szabályozza a vallási kérdést. Így jött létre az 1681. évi XXV. és XXVI. törvénycikk.

A XXV. törvénycikk az 1606. és 1608. évi békefeltételekre és vallási törvényekre hivatkozva biztosította ugyan a vallásszabadságot, de egy fontos záradékkal: „a földesurak jogának fenntartásával”. 

A XXVI. törvénycikk egyebek mellett rendezte a vitás templomok kérdését. A protestánsoknak a törvény szerint vissza kellett adni azokat a templomokat, amelyeket ők építettek, és amelyeket még nem szenteltek római katolikus templommá. 

Új esemény történt: Magyarország felszabadulása a török uralom alól. Thököly felkelése meggyengült és összeomlott. Felesége, Zrínyi Ilona 1688. január 14-én, három évi hősies védekezés után Munkácsot kénytelen volt feladni. Caraffa, a király tábornoka felállította az eperjesi vértörvényszéket, amelynek húsz köztiszteletben álló protestáns élete és vagyona esett áldozatul. A vádlottakat kegyetlenül megkínozták és kivégezték.

A szabad vallásgyakorlat ezután már a katolikus uralkodó kegyes ajándékává lett. A protestáns gyűlölet erősebbnek bizonyult, mint a törvények. 

Amikor újra a királyhoz fordultak sérelmeikkel, kiadta az Explantatio Leopoldinát, amely végre nyíltan kimondta, hogy Bécs és a jezsuiták milyen határokig hajlandók a protestánsok létezését Magyarországon még egy ideig eltűrni. Bevezetette a nyilvános és magán vallásgyakorlatot. Lipót a nyilvános vallásgyakorlást azokra az artikuláris helyekre korlátozta, amelyeket az 1681. évi XXVI. tc. felsorolt. Azok a területek, amik nem tartoznak ide, magánkultuszt engedett, ami a vallásos könyvek olvasását engedte meg – legszűkebb családi körben.